SCC har en operativt arbetande styrelse som består av en ordförande, upp till tre vice ordförande samt upp till tolv ledamöter.
Styrelsen utses av Stockholms Handelskammare för en period av tre år. Ledamöterna behöver inte vara svenska utan kan vara av olika nationaliteter. Det löpande arbetet med skiljemålen utförs av sekretariatet, medan styrelsens uppgift är att fatta beslut enligt SCC:s regler. Det kan till exempel gälla SCC:s behörighet, att utse skiljedomare, en invändning om jäv eller beslut om kostnaderna för ett skiljeförfarande.